با آنکه هدف شبکه ملی اطلاعات برقراری ارتباطات امن و حفاظت شده است، اما شواهد نشان می دهد که این شبکه در امنیت سایبری همچنان با خلا روبرو است و تبادل داده در فضای مجازی کشور تضمین شده نیست.